Der Präsident der SGI wird von den stimmberechtigten Mitgliedern für eine Amtsdauer von 2 Jahren, in Ausnahmefällen (Zwischenjahr) für 1 Jahr, gewählt. Eine Wiederwahl des Präsidenten ist nicht möglich. Er führt zusammen mit seinem Stellvertreter (Präsident Elect) die rechtsverbindliche Unterschrift für den Verein. Er beruft die Sitzungen des Vorstands und der Generalversammlung ein, setzt die Tagesordnung der Sitzungen fest und leitet die Beratungen. Er ist für die Einhaltung der Statuten und die Ausführung der Beschlüsse verantwortlich. Er vertritt die Gesellschaft nach aussen. Im Falle der Abwesenheit wird er durch seinen Stellvertreter, bei dessen Verhinderung durch den Alt-Präsidenten vertreten. Er benutzt nach seinem Ermessen eine der Landessprachen. Bei Stimmengleichheit im Vorstand hat der Präsident den Stichentscheid.
1972 - 1973 Prof. Dr. med. Jean-Pierre Gigon, Delémont
1973 - 1975 Dr. med. Martin Friedemann, Biel
1975 - 1977 Prof. Dr. med. G. Wolff, Basel
1977 - 1979 Dr. med. Pius Frey, Zürich
1979 - 1981 PD Dr. med. Peter C. Baumann, Zürich
1981 - 1983 Prof. Dr. med. Rudolf Ritz, Basel
1983 - 1985 Prof. Dr. med. Werner Glinz, Zürich
1985 - 1987 Dr. med. Jean-Pierre Bernhardt, Porrentruy
1987 - 1989 Prof. Dr. med. Peter M. Suter, Genève
1989 - 1991 PD Dr. med. Adrian Frutiger, Chur
1991 - 1993 Prof. Dr. med. Sergio Fanconi, Zürich
1993 - 1995 Prof. Dr. med. René Chioléro, Lausanne
1995 - 1997 PD Dr. med. Guido Domenighetti, Locarno
1997 - 1999 Prof. Dr. med. Daniel Scheidegger, Basel
1999 - 2001 Prof. Dr. med. Michel Berner, Genève
2001 - 2004 Prof. Dr. med. Reto Stocker, Zürich
2004 - 2006 Dr. med. Philippe Eckert, Sion
2006 - 2008 PD Dr. med. Hans Ulrich Rothen, Bern